De onderzoeksgroep Microbiologie voert onderzoek uit in moleculaire microbiologie en microbiële biotechnologie. Onderzoek wordt toegespitst op het bekomen van betere inzichten in de levensstijl en physiologie van een variëteit aan micro-organismen (archaea, bacteriën, fungi en mycorrhiza), met een sterke expertise in de studie van extremofielen. Moleculaire mechanismen die aan de basis liggen van de respons van micro-organismen op veranderende omgevingscondities (nutritionele condities of stress) worden ontrafeled met een focus op genregulatie. Fundamentele inzichten worden gebruikt voor de ontwikkeling van biotechnologische toepassingen in de context van de transitie naar een duurzamere biogebaseerde economie en industrie.