Combinatie van exoom- en transcriptoomgegevens om de genetische basis van de lissencephalis te ontrafelen

Projectdetails

!!Description

Malformaties van corticale ontwikkeling (MCD) zijn een heterogene groep van hersenmalformaties waaronder lissencefalie, heterotopie en polymicrogyrie. Het lissencefalie spectrum (inclusief lissencefalie, pachygyria en subcorticale band heterotopie) is een goed gedefinieerde groep van MCD met een sterke monogenetische basis. Met de huidige moleculaire technieken wordt een oorzakelijke variant gedetecteerd in ongeveer 80% van de personen met lissencephalie. In een routinediagnostische setting worden meestal exoom-gebaseerde genpanels gebruikt, terwijl whole exome sequencing (WES) en whole genome sequencing (WGS) steeds vaker worden toegepast. Beide technieken hebben hun tekortkomingen, waaronder de detectie van varianten met een klein kopiegetal, de identificatie van pathogene varianten in niet-coderende regio's en de interpretatie van varianten. Het parallelle gebruik van kwantitatieve RNA sequenering, waarbij verschillen in RNA expressie worden gemeten, zou een mogelijke oplossing kunnen zijn voor deze tekortkomingen. Het voorgestelde onderzoeksproject zal voor het eerst 1) de toegevoegde waarde van WES/WGS gecombineerd met kwantitatieve RNA sequenering evalueren voor de identificatie van nieuwe genen bij individuen met lissencefalie, 2) het optimale staalweefsel voor RNA sequenering identificeren bij complexe neurologische fenotypes en 3) RNA expressie data gebruiken om een bewijsbasis te leveren voor de huidige lissencefalie classificatie.
AcroniemANI299
StatusActief
Effectieve start/einddatum1/10/211/10/23

Keywords

  • Transcriptoomgegevens
  • Genetische basis
  • lissencephalis
  • Exoom gegevens

Flemish discipline codes

  • Neurosciences not elsewhere classified