Een hele reeks methodologieën die gebaseerd zijn op plantentransformatie zullen een grote rol spelen bij de grootschalige functionele analyse van plantengenen; hiertoe behoren o.a. er gerichte transgenintegratie ('gene targeting') voor het uitschakelen of modificeren van genen en het aanleggen van grote aantallen transformanten waarin genen uitgeschakeld zijn (insertiemutagenese) of verhoogd en/of ectopisch aangeschakeld worden ('activation tagging'). Deze technieken zijn voor hogere planten ofwel helemaal niet ontwikkeld ofwel beperkt tot een klein aantal plantensoorten; ze vereisen daarenboven het genereren van grote aantallen getransformeerde planten, wat zeer tijdrovend en voor de meeste plantenspecies praktisch niet te verwezenlijken is. De belangrijkste doelstelling van dit onderzoek is daarom het uitwerken van nieuwe transformatiestrategieën om op eenvoudige wijze grote aantallen onafhankelijke transformanten te bekomen. Hiertoe zal een methode uitgewerkt worden, waarbij transgenen voor integratie ter beschikking gesteld worden in sporocytische of gametofytische cellen. Dit zou vervolgens moeten leiden tot nieuwe 'functional genomics' methodologieën voor bvb. de landbouwkundig belangrijke graangewassen en vlinderbloemigen. In parallel zal ook aan verdere optimalisatie van transformatie van een aantal vlinderbloemigen en graangewassen gewerkt worden.