Exploiteren van virale regulatoren voor de ontwikkeling van een synthetisch-biologische toolkit voor Sulfolobales

Bacteriofagen zijn onmisbaar geweest voor de ontwikkeling van
synthetisch-biologische toolkits voor bacteriën. Daarentegen,
ondanks de natuurlijke abundantie van archaea-specifieke virussen,
werd een gelijkaardige inspanning niet geleverd voor archaea, welke
een groot biotechnologisch potentieel hebben. In dit project zal ik
focussen op de familie van Sulfolobus spindle-shaped virussen
(SSVs), die thermoacidofiele archaea behorend tot de orde
Sulfolobales infecteren. Het multi-stadium infectieproces vereist een
strak georchestreerd genexpressieprogramma, gecoördineerd door
interactie met het transcriptie-apparaat van de gastheer.
Verschillende transcriptieregulatoren zijn gecodeerd in de SSV
genomen, maar weinig is bekend over hun functie en mechanismen.
Met het doel om SSV-gecodeerde regulatoren die een schakelachtige genexpressierespons mediëren en gebruikt kunnen worden
voor synthetische biologie engineering te identificeren en
karakteriseren, zal ik genetische, genomische en biochemische
methoden gebruiken om hun rol in de virus-gastheer-relatie op te
helderen. Voortbouwend op deze kennis, zullen orthogonale
synthetische genetische circuits geconstrueerd worden in S.
acidocaldarius, een biotechnologische platformsoort die niet vatbaar
is voor virale infectie. Door het overbruggen van kritische kennis- en
toepassingstekorten, zal dit project de eerste stappen zetten voor het
ontwikkelen van efficiënte synthetisch-biologische tools voor de
engineering van Sulfolobales