Molecular Karyotyping

Array comparative genomic hybridisation (array CGH), ook gekend als moleculaire karyotypering, maakt gebruik van microgram technologie om in parallel te detecteren welke van duizenden chromosomale fragmenten gedeleteerd of gedupliceerd zijn in een genomisch DNA staal. Array CGH kan dus chromosomale abnormaliteiten in patiënten met constitutionele of verworven aandoeningen en in embryos identificeren.

Uit onze eigen ervaring met het ontwikkelen van deze hoogst efficiënte moleculaire techniek en de toepassing ervan in de kliniek, kunnen we ten stelligste zeggen dat array CGH binnen de vijf jaar conventionele karyotypering zal vervangen.

De resolutie van array CGH is niet enkel hoger, maar de tijd nodig voor analyse is teruggebracht van drie weken naar twee dagen.

Bovendien heeft array CGH geleid tot een verschuiving in het paradigma van genetische diagnose en research. Gedurende de laatste 20 jaar, sinds de ontwikkeling van moleculaire genetica, is er voornamelijk de nadruk gelegd op de identificatie van nucleotide veranderingen in zowel constitutionele als verworven aandoeningen. In contrast hiermee, toont array CGH een tot nu toe onverwachte bron van variatie aan, de lare scale copy number variation (CNPs). Data stromen nu binnen dat deze variatie een belangrijke oorzaak van phenotypische variatie kan zijn die veel beter variatie in gevoeligheid aan ziekte, pharmacogenomische variatie en tot nu toe niet verklaarde aandoeningen kan verklaren.

Het doel van dit onderzoek is om de technische limieten van deze nieuwe technologie naar voor te schuiven. Ten eerste zal array-CGH worden gebruikt op niveau van één enkele cel. Ten tweede zal de technologie worden gebruikt om low grade mosaicisme te ontdekken. Ten derde zullen epigenetische phenomenen en X chromosoom abnormaliteiten, constitutionele abnormaliteiten en kanker worden onderzocht. Tenslotte zullen al deze toepassing worden geoptimaliseerd door nieuwe methodes voor data interpretatie te ontwikkelen.

Single cell array CGH zal preimplantatie genetische diagnose gevoelig verbeteren voor het detecteren van chromosomale abnormaliteiten zoals aneuploidieën en niet gebalanceerde translocaties.