Structurele en functionele karkaterisering van het hipBA operon van de bacterie Escherichia coli.

  • Sterckx, Yann, (Mandataris)
  • Loris, Remy (Administrative Promotor)

Projectdetails

!!Description

Doelstellingen Dit doctoraatsproject heeft als doel een bijdrage te leveren tot het begrijpen van de moleculaire basis van persistentie en multi-drugtolerantie in biofilms. Hiervoor zal de structuur-functie relatie van de eiwitten van het hipBA operon worden onderzocht via een zo breed mogelijke structurele, biofysische en functionele karakterisatie. Dit werk kadert in een breder project van de onderzoeksgroep m.b.o. TA modules. De kristalstructuren van de eiwitten (of eiwitdomeinen) en hun complexen zullen worden bepaald door middel van X-straal diffractie. De resulterende kristalstructuren zullen ons niet enkel een beeld geven van de vouwing van de HipA en HipB eiwitten en hun interactie, maar door vergelijking met andere structuren in de Protein Data Bank ook informatie over hun functie. De structuren zullen toelaten hypothesen op te stellen die experimenteel zullen worden getoetst en zullen bijgevolg de startbasis vormen voor de design en/of interpretatie van verdere experimenten. In een later stadium zal, indien tijd dit toelaat ook gewerkt worden naar kristalstructuren van HipB:DNA en HipAB:DNA complexen. De biofysische eigenschappen van de eiwitten en hun domeinen, in het bijzonder hun thermodynamische stabiliteit en hun onderlinge interacties zullen worden geanalyseerd m.b.v. een aantal biofysische technieken. Dit zal verdere informatie verschaffen over het werkingsmechanisme van de HipAB module en diens regulatie op eiwitniveau. Bijvoorbeeld in het geval van CcdAB leidde zulk een aanpak tot de identificatie van een nieuw regulatorisch mechanisme, de intrinsiek ontvouwen allosterische rits (N. De Jonge en R. Loris - ongepubliceerde resultaten). Een derde doel van dit doctoraatswerk ten slotte is het plaatsen van de HipAB activiteit in een biologische context. Hiervoor zal worden gekeken in welke in vivo regulatorische cascades HipA een rol speelt door de invloed van HipA expressie en activiteit na te gaan op de expressie van andere eiwitten. Verder zal worden gekeken in welke mate de twee individuele domeinen van HipA en de connectie met bona fide TA modules zoals relBE en mazEF hier toe bijdragen. Het model van Korch dat hipAB stroomopwaarts plaatst van de klassieke TA modules zal hierbij worden gevalideerd. Verder zal worden gezocht naar mogelijke cellulaire doelwitten van de kinase activiteit van HipA.
AcroniemFWOTM496
StatusGeëindigd
Effectieve start/einddatum1/10/0830/09/12

Flemish discipline codes

  • Biological sciences